確定申告をしていない年がある米国人の方へ：期限後申告と納付のチェックリスト（在留期間の更新・永住への影響）

こんにちは。公認会計士・税理士の越田泰生です。米国の方をはじめ、外国の方の日本の確定申告を、日本語と英語でお手伝いしています。

当事務所にご相談いただく米国の方の中には、1年以上、日本の確定申告をしていない方がいます。この記事では、当事務所が実務で行っている手順に沿って、期限後申告と、未納の税金の納め方をまとめます。

※この記事は、2026年11月時点の法令と公表資料にもとづいています。実際の判断は、お一人おひとりの状況によって変わります。

1. 税務署に連絡する前に、税理士に相談する

税務署に連絡する前に、どの年を申告する必要があるか、税金・加算税・延滞税のおおよその額、どう納めるかを把握しておくと役に立ちます。これは税理士と一緒に整理できます。数字が分かれば、申告の順番と納付の計画を立てられます。

時期も大切です。税務署から調査の通知が来る前に自主的に出した期限後申告は、通知のあとに出したものより、無申告加算税が軽くなります。[1] そのため、確認と申告は先延ばしにしないことです。

2. 申告が必要な年を確かめる

年ごとに、次を確かめます。

• 日本の税法上の居住者だったか。居住者なら、非永住者（日本国籍がなく、過去10年のうち日本に住所または居所があった期間が5年以下の居住者）に当たるか。米国の所得がどう課税されるかが変わります。[2]
• 申告が必要な所得があったか（事業所得、不動産所得、米国の投資の所得、2か所以上からの給与など）。

税務署が課税できるのは、原則として申告期限から5年、偽りその他不正の行為がある場合は7年です。[3] 実務では、直近5年から始めます。

3. 年ごとに資料を集める

• 勤め先ごとの源泉徴収票
• W-2、1099、証券会社の明細、RSU・ストックオプションの明細
• 家賃の収入と経費の記録
• 日本と米国の銀行の明細
• 事業の収入と経費の領収書・記録

資料が欠けていることはよくあります。その場合は、通帳などの手元の資料から、収入と経費を組み立て直します。

4. 申告だけでなく、納付も計画する

延滞税は、全額を納めるまでかかり続けます。未納の税金は、ビザの申請にも関係します。

未納の税金と、在留期間の更新・永住許可

在留期間の更新の申請では、通常、市区町村の住民税の課税証明書・納税証明書を出します。所得と納付の状況が載っています。所得税を期限後に申告すると、市区町村はその年の住民税も課税します。未納があれば、証明書に載ります。

出入国在留管理庁の更新のガイドラインでは、納税義務を履行していないことは消極的な要素とされ、高額・長期間の未納で悪質なものは重く扱われます。関係機関から提供を受けた納税の状況の情報を踏まえて判断する場合があることも書かれています。[4] 永住許可のガイドラインはさらに厳しく、申請の時点で納付済みでも、当初の納期限までに納めていなければ、原則として消極的に評価されます。[5]

分割で納める場合

猶予の制度を使えば、分割で納付できます。期限後申告は、申告書を出した日が納期限なので、納付の計画は申告の前に立てておきます。[6]

• 申告期限から1年を経過した日以後に税額が確定した場合：一度に納められないときは、納期限までに納税の猶予を申請できます。[7]
• それ以外の場合：ほかに国税の滞納がなく、納税について誠実な意思がある場合、納期限から6か月以内に換価の猶予を申請できます。[8]
• どちらも、猶予の期間は原則1年以内です。

猶予の間も、税金は未納のままです。国税庁によると、猶予を受けている国税は、納税証明書（その1）の備考欄に猶予中である旨が載り、未納の税額がないことの証明（その3）は、その税目については発行されません。[9]

永住許可の申請には、源泉所得税・申告所得税・消費税・相続税・贈与税の納税証明書（その3）が必要です。[10] 分割で納めている間は、この証明書は取れません。

実務上、次のことをお勧めします。

• 次の在留期間の更新や永住許可の申請より前に、申告と納付を終える。
• 分割が必要な場合は早めに手続きをし、許可と納付の記録を残して、申請で事情を説明できるようにする。許可の判断は入管が行います。
• ビザについては、入管の手続きを扱う弁護士か行政書士に相談する。税の側は当事務所が担当し、連携します。

5. すでに日本を離れている場合

日本に住んでいた年の税金は、出国後も申告と納付が必要です。非居住者は、原則として、書類の受け取りと納付をする納税管理人を日本に置く必要があります。

6. 米国の申告とあわせる

米国市民は、米国の申告もします。過去の年に納める日本の税金は、外国税額控除などを通じて米国の申告に関係します。当事務所は日本の側を作り、米国の申告をする方に日本の数字をお渡しします。

7. よくある質問

誠意を示すため、先に税務署に連絡すべきですか？

先に税理士に相談し、金額と計画を把握することをお勧めします。そのうえで、速やかに申告することが大切です。

未納の税金があると、在留期間の更新や永住許可の申請はできますか？

未納の税金は、申請で出す証明書に載り、審査で消極的な要素になります。分割で納めている間は、永住許可の申請に必要な「未納の税額がないことの証明」は発行されません。

5年より前の年も申告が必要ですか？

原則として、申告期限から5年を過ぎると、税務署は課税できません。偽りその他不正の行為がある場合は7年です。どの年を申告するかは、事実関係によります。

参考

[1] 国税通則法第66条第8項
[2] 所得税法第2条第1項第4号
[3] 国税通則法第70条第1項第1号、第5項第1号
[4] 出入国在留管理庁「在留資格の変更、在留期間の更新許可のガイドライン」7（令和8年6月改正）
[5] 出入国在留管理庁「永住許可に関するガイドライン」（令和8年2月24日改訂）
[6] 国税通則法第35条第2項第1号
[7] 国税通則法第46条第3項第1号
[8] 国税徴収法第151条の2第1項、第2項
[9] 国税庁「国税の納税の猶予制度FAQ」問11（令和6年11月）
[10] 出入国在留管理庁「永住許可申請」提出書類

※法令は e-Gov 法令検索で、2026年11月に確認しました。英語版：Catching Up on Unfiled Japan Tax Returns: A Step-by-Step Checklist for Americans

ご相談

こしだ会計事務所では、申告していない年がある方の期限後申告と納付の計画を、日本語と英語でお手伝いしています。初回のご相談は20分程度まで無料です（以降は20分ごとに9,000円＋消費税）。個人の確定申告は、1年あたり10万円程度から（税別）です。複数年の場合は、資料を拝見してからお見積りします。

通常3営業日以内にご返信します（2〜4月は1週間ほどかかることがあります）。お問い合わせフォームから、お気軽にご相談ください。